В 1994 году в структуре Национальной  библиотеки появился отдел редких книг и рукописей. Это стало возможно благодаря тому, что библиотека располагала уникальными фондами, которые сформировались за 130 лет ее истории. С открытием отдела читатели получили возможность не только увидеть книги, которые относятся к числу выдающихся литературных памятников отечественной и мировой культуры, но и работать с ними.
Сегодня отдел редких книг и рукописей  насчитывает  9 тысяч единиц хранения. В  основном это издания XIX – начала XX веков, но есть несколько книг, относящихся к XVIII веку. Самой старинной является книга, написанная профессором элоквенции господином Ш. Ролленом, – «Древняя История об Египтянах  о Карфагенянах об Ассирианах…» (о государствах Древнего мира). Издана в  1749 году. Самая маленькая книга (ее размер 3х4 см) – сборник стихов Р. Гамзатова «Письмена», а  самая большая (высотой 0,5 метра) – «Атлас Азиатской России» 1914 года издания.
Согласно «Регламенту Государственного реестра уникальных документов Архивного фонда Республики Марий Эл» две книги нашей библиотеки включены в   реестр уникальных документов. Первая книга – «Сочинения, принадлежащие к грамматике черемисского языка», изданная  в 1775 году Императорской  Академией  наук в Санкт-Петербурге. Ее издание стало  знаменательным событием  в истории марийского народа, и в настоящее время появление черемисской грамматики считается той отправной точкой, с которой начинается летоисчисление марийской письменности. Вторая книга – «Статистическое Описание Царевококшайского уезда Казанской Губернии», составленная царевококшайским земским исправником, бароном  и кавалером Александром фон Келлером в 1837 году.
Все издания очень интересны и по-своему уникальны. Анализируя сегодня книжные фонды, можно признать, что библиотека располагает огромным спектром изданий по всем отраслям знаний для всех возрастных категорий. Обширное и разнообразное по составу книжное собрание позволяет удовлетворять запросы пользователей, открывает большие возможности для научных исследований.
Фонд отдела редких книг и рукописей состоит из нескольких коллекций.
1. Русские  книги гражданской печати XVIII – первой трети XIX веков.
Старопечатные издания включают книги и периодику по всем отраслям знаний на русском языке, вышедшие в России в 1749-1830 гг. Они  выпускались в период активного развития издательского и типографского дела в России. Книги издавались крупными научными и культурными центрами: Академией наук, Российской академией, Московским университетом, университетами Санкт-Петербурга. Кроме того, здесь имеются издания частных книгоиздателей Н. Новикова, А. Плюшара, братьев Глазуновых и других.
В представленной коллекции собраны летописи, описания путешествий, научные труды по естественным наукам, законы, грамоты, договоры по истории внешней политики и дипломатии России, исторические исследования,  философские материалы, художественные произведения.
Среди них «История Российская от древнейших времен»  князя  М. Щербатова (1771-1794 гг.), «История Российская» В. Татищева (1768-1784 гг.), «История Государства Российского», прижизненное издание Н. Карамзина (1821 г.), «Скифская история» А.  Лызлова (1787 г.), «Римские древности» А. Адама (1824 г.) и многие другие произведения. Все их можно отнести к историческим первоисточникам.
2. Коллекция периодических изданий.
«Вестник Европы», «Русский Архив», «Исторический Вестник», «Этнографическое Обозрение» – вот только  некоторые названия журналов XIX века из этой коллекции. Кроме журналов, сюда входят труды и ученые записки, известия и бюллетени, а также другие периодические издания на русском языке.
На страницах журнала «Русский Архив», одного из самых известных исторических журналов дореволюционной России (издавался П. И. Бартенёвым), были опубликованы тысячи документов и материалов по истории России, истории русской культуры и литературы. Этот журнал в коллекции представлен за период с 1863 по 1913 годы. В журнале сотрудничали С. М. Соловьёв, В. О. Ключевский,  Л. Н. Толстой, П. А. Вяземский, В. Я. Брюсов и другие виднейшие представители русской науки и культуры.
В 1878 году при Казанском университете было основано  Общество археологии, истории и этнографии. Печатным органом общества стали «Известия Общества Археологии, Истории и Этнографии». В нём печатались статьи не только учёных Поволжья, но и исследователей Москвы и Санкт-Петербурга. Корреспондентами «Известий» были местные собиратели-краеведы (учителя, врачи, священники). Они посылали в журнал записи фольклорных текстов, сообщения о культуре и быте, верованиях марийского и других народов Поволжья. Наиболее крупной работой о марийском народе, опубликованной в «Известиях» в 1889 году, был историко-этнографический очерк «Черемисы» профессора Казанского университета, одного из редакторов журнала И. Н. Смирнова. В 1889 году этот очерк был издан отдельной книгой.
3. Фонд рукописных изданий.
Здесь представлена нотная литература, включающая произведения композиторов Республики Марий Эл – А. Эшпая и Я. Эшпая,  Э. Сапаева, А. Искандарова, А. Луппова и многих других, а также пьесы для театральных постановок на русском и марийском языках.
Вот некоторые из них: опера «Алдияр» Э. Архиповой (1995 г.), кантата «Марий Эл» (Марийский Край) К. Гейста (1951 г.), музыка к спектаклю «Легенда лесного края» В. Захарова (1983 г.), кантата «Край родной» А. Искандарова (1960 г.), пьеса «Айвика» (Марийская Офелия) С. Николаева (1982 г.), симфоническое произведение «Симфониетта» Э. Сапаева  (1958 г.), песня «Песня о Козьмодемьянске» А. Эшпая (1983 г.).
4. Фонд краеведческих изданий.
Здесь имеется уникальная коллекция литературы, издававшейся с конца XVIII века по настоящее время. Фонд состоит из рукописей, книг, периодических изданий на марийском и русском  языках. Ценность большинства из них определяется временем и местом их бытования, а также культурно-историческим значением для республики. В коллекции  представлены издания православного миссионерского общества Братства Святителя Гурия, Русского библейского общества, произведения просветителей П. И. Ерусланова и Г. Я. Яковлева, а также деятелей марийской культуры В. М. Васильева, Г. Г. Кармазина, С. Г. Чавайна и других. Безусловной редкостью для книжного собрания является первое периодическое издание «Марла календарь» за 1907-1913 годы, который пропагандировал естественнонаучные, медико-санитарные знания, устное народное творчество, первые научные труды, переводы, художественные произведения на марийском языке, библиографические источники. На основе материалов краеведческой коллекции написано немало научных работ по истории края.
5. Миниатюрные и малоформатные издания.
Коллекция насчитывает около 1000 книг по всем отраслям знаний, которые  выполнены на высоком полиграфическом уровне. Их по праву можно считать памятниками материальной и духовной культуры. Тематика миниатюрных изданий очень разнообразна: это книги по русской и зарубежной литературе, истории, фольклору, медицине, спорту. Среди этой коллекции есть интересные издания пушкинианы – романы, сказки, сборники лирических произведений, книги о памятных местах связанных с именем поэта. Наиболее ценными являются «Станционный смотритель» 1934 года издания с замечательными иллюстрациями известного русского графика и театрального художника М. Д. Добужинского; три томика  А. С. Пушкина 1979 и 1989 годов издания; иллюстрации к пушкинским повестям «Барышня-крестьянка», «Выстрел», «Метель», «Гробовщик», «Станционный смотритель», выполненные в технике ксилографии заслуженным  художником РСФСР и Республики  Марий Эл А. С. Бакулевским.