«Для проведения в жизнь мероприятий по учету годного к военной службе населения, его призыву, к формированию вооруженной силы Российской Советской Республики, обучению поголовно всех рабочих и не эксплуатирующих чужого труда крестьян военному делу, управлению войсками, предназначенными для обслуживания местных нужд, и удовлетворению материальных потребностей военного снабжения Совет Народных Комиссаров постановляет:
Учредить волостные, уездные, губернские и окружные комиссариаты по военным делам…», – так говорилось в специальном декрете Совета Народных Комиссаров, подписанном В. И. Лениным 8 апреля 1918 года.
Постановлением исполкома Царевококшайского уездного Совета 24 мая 1918 года был организован Царевококшайский уездный военный комиссариат. В период гражданской войны и иностранной интервенции военный комиссариат проделал большую работу по взысканию призывных ресурсов, организации учета годных к военной службе и провел целый ряд мобилизаций граждан для службы в армии.
В связи с переименованием в декабре 1918 года Царевококшайска в Краснококшайск, по приказу Реввоенсовета республики военный комиссариат стал именоваться Краснококшайским уездным военным комиссариатом, который возглавил Михаил Миронович Товашов. В 1928 году город Краснококшайск был переименован в Йошкар-Олу, что послужило основанием для изменения названия и военного комиссариата.
В 1931 году уездные военные комиссариаты были переименованы в районные военные комиссариаты.
Уже в первый день Великой Отечественной войны, 22 июня 1941 года, сотрудники военного комиссариата г. Йошкар-Олы приступили к выполнению важной государственной задачи – к проведению мобилизационных мероприятий.
С июля 1947 по февраль 1958 года военный комиссариат дополнительно обслуживал Медведевский и Семеновский районы. С 1958 года он известен как Йошкар-Олинский городской военный комиссариат. На базе Йошкар-Олинского городского военного комиссариата 23 июня 1987 года были созданы Ленинский и Заводской военные комиссариаты Йошкар-Олы, воссоединение произошло в 1988 году.
На основании директивы Генерального штаба Вооруженных Сил РФ от 8 февраля 1995 года Йошкар-Олинский городской военный комиссариат переименован в военный комиссариат города Йошкар-Олы, а 19 сентября 2009 года военный комиссариат города Йошкар-Олы переформирован в отдел военного комиссариата Республики Марий Эл по городу Йошкар-Оле. С введением нового штата все должности военнослужащих были сокращены и частично заменены должностями гражданского персонала.
В мирное время сотрудники военного комиссариата принимали участие в формировании «целинных батальонов» для уборки урожая и в направлении военнообязанных для на ликвидацию аварии на Чернобыльской АЭС, участвовали в
тушении лесных пожаров в 1972 и 2010 годах.
Важную роль военкомат уделяет военно-патриотическому воспитанию молодежи, социальному обеспечению ветеранов Великой Отечественной войны, ветеранов Вооруженных Сил и членов их семей, участников боевых действий, решает вопросы мобилизации, ведет учет граждан, пребывающих в запасе, и техники, осуществляет призыв граждан на военную службу, занимается вопросами обучения военному делу допризывной и призывной молодежи, выполняет сложные и почетные задачи в обеспечении обороноспособности нашей Родины.

При подготовке материала использована следующая литература:
• 90 лет служению Отечеству верны. – Йошкар-Ола, 2011. – 112 с.
• Местные органы военного управления Республики Марий Эл: история становления и развития. 1918-2001.гг.. – Йошкар-Ола, 2001. – 520 с.
• Кириллов Г. И. Формирование Царевококшайского военного комиссариата и начало его деятельности / Г. И. Кириллов // История Республики Марий Эл: современный взгляд : материалы научно-практической конференции, посвященной 80-летию государственности марийского народа (Йошкар-Ола, 2 ноября 2000 года). – Йошкар-Ола, 2002. – С. 31-36.
• Кириллов Г. И. Царевококшайский (Краснококшайский) военный комиссариат в годы Гражданской войны: мобилизационная деятельность в 1918-1920 гг. / Г. И. Кириллов // Марийский археографический вестник. – 2003. – № 13. – С. 39-56.